从 pptsdm 迁移 • tidypptsdm

pptsdm 0.1.4 改名为 tidypptsdm 1.0.0，并在 tidypptsda 的基础上重写，旧函数都不再保留。本文列出新旧函数的对应关系，以及旧版本中已修正的问题。

旧版本保留在 GitHub 上，需要旧接口时可以安装：

pak::pak("tony2015116/pptsdm@v0.1.4")

函数对应

pptsdm 0.1.4	tidypptsdm 1.0.0
`pptsda::import_csv()` + `process_data()`	`read_station()` + `prep_visits()`（来自 tidypptsda）；各函数也可直接传入文件夹或原始数据
`monitor_all()`	`run_monitor()` + `write_monitor_report()` + `write_monitor_tables()`
`fid_monitor()`（PDF）	`plot_monitor(type = "intake")`：同样的上下两栏堆叠柱状图，并收入 `write_monitor_report()`
`station_monitor()`（PNG）	`plot_monitor(type = "trend")`、`plot_monitor(type = "weight")`，并收入 `write_monitor_report()`
`table_monitor()`（Excel）	`write_monitor_tables()`
`monitor_schedule()`	`schedule_monitor()`
`responder_na()`	`monitor_stations()` 的 `n_unidentified`、`pct_unidentified`
`extreme_time_n()`	`monitor_stations()` 的 `pct_weight_outlier`、`n_visits`、`occupation_h`
`all_feedintake()`	`monitor_stations()` 的 `feed_kg`
`number_location()`	`monitor_houses()` 的 `n_pigs`
`house_feedintake()`、`merge_data()`	`monitor_houses()` 的 `feed_kg`、`feed_per_pig_kg`
`house_weight()`	`monitor_houses()` 的 `weight_kg`
`low_feedintake()`	`monitor_pigs()` 的 `status`，以及 `run_monitor()` 的 `pig_summary` 和警报
`hour_stat()`	`monitor_hours()`
宽表输出	`wide_table()`

参数

旧参数	新参数
`days`（实际包含 `days + 1` 天）	`days`：恰好 `days` 天
`ref_date = Sys.Date()`	`end_date`：默认为数据最后一天，若为今天则取昨天
`begin_date`	用 `days` 和 `end_date` 定窗口
`house_width = "1"`（字符）	`house_width = 1`（整数）
`station_type`	`station`：默认自动识别
`save_path`	各写出函数的 `path`
写死的 0.5 kg、1.5 × IQR	`low_feed_kg`、`iqr_k`；新增 `max_unidentified_pct`、`max_feed_drop_pct`

一个例子

旧写法：

csv_files <- list.files("D:/nedap/exports", full.names = TRUE, pattern = ".csv", recursive = TRUE)
csv_data <- pptsda::import_csv(csv_files, package = "data.table")
monitor_all(csv_data, begin_date = "2024-05-01", days = 5, save_path = "D:/nedap/monitor")

新写法：

mon <- run_monitor("D:/nedap/exports", days = 5)
write_monitor_report(mon, "D:/nedap/monitor")
write_monitor_tables(mon, "D:/nedap/monitor")

已修正的问题

窗口天数：旧版 date >= ref_date - days 实际取了 days + 1 天，而且 house_weight()、responder_na() 不含 ref_date 当天，同一个工作簿里各表的日期不一致。现在所有表都是截至 end_date 的 days 天。
漏掉不吃料的猪：low_feedintake() 只列出采食量低于 0.5 kg 的猪，当天完全没有访问的猪不出现。现在这样的猪是 no_visit，并给出 danger 警报。
停机的测定站：旧版没有访问的日子在表中不存在。现在计数为 0，并给出 station_down 警报。
时长单位：NEDAP 的 duration 是秒，旧版有的表除以 3600（小时），有的除以 60 却当成小时。现在列名写明单位：occupation_h、occupation_min。
体重单位：NEDAP 的体重是 g，由 prep_visits() 统一换算成 kg，体重为 0 视为未称重。
Excel 色阶：旧版色阶多覆盖一列，feed_time_n 工作表的色阶规则匹配不到任何列。
station_monitor()：所有 PNG 都用第一台测定站的尺寸；日期轴每天一个刻度但只显示月份。
fid_monitor()：一台测定站的猪多于 41 头（调色板颜色数）时报错。现在颜色数随猪数自动扩展，两栏共用一个图例，柱顶标出当天总采食量，最后一天没有访问或低采食的猪在图例中标出。
修改输入数据：hour_stat()、fid_monitor()、station_monitor() 会原地修改传入的数据；现在所有函数都在副本上计算。
process_data()：被调用 4 次，结果有一次没有用到；现在 run_monitor() 只预处理一次。
merge_data()：用一张表的逻辑向量去索引另一张表的列名，能得到正确结果纯属巧合；并且定义了两遍。
定时任务：monitor_schedule() 只能在 Windows 上用，脚本目录写死为 C:/Temp，文件名随机。现在脚本位置可指定、名称固定，Linux 和 macOS 打印 crontab 配置。
依赖：不再需要 cowplot、lubridate、patchwork、pptsda、purrr、scales、tidyr；openxlsx 和 taskscheduleR 改为可选。
示例：旧示例都写死了 C:/Users/Dell/... 路径；现在使用 tidypptsda 自带的 nedap、fire 示例数据，到处都能运行。